Zamboanga del Sur nằm ở vết cắt phía nam của bán đảo Zamboanga ở phía tây đảo Mindanao. Trải dài về phía bắc từ Sibugay ở phía tây nam và chạy dọc theo ranh giới tới Thung lũng Salug ở phía dông là vùng đồng quê đồi núi của tỉnh Đồng bắng ven biển trải đều từ phía nam sang phía tây sau đó tạo thành các đồng bằng rộng lớn ở bán đảo Baganian phía tây nam. Tỉnh có lượng mưa trung bình hàng năm từ 1.599-3.500 mm. Nhiệt độ khá ấm áp và dao động quanh năm từ 22-35˚C. Con sông dài nhất vùng, sông Sibugay chảy từ các vùng đồi núi của tỉnh xuống vịnh Sibugay ở tỉnh Zamboanga Sibugay lân cận.